随着企业运输量的大幅上升，中小型企业的数量必然要扩大，此时可以申请注册子公司或申请注册分公司。那申请注册的分公司和申请注册的分公司又有什么区别呢？只有掌握了相互之间的区别才能更好地选择其他申请注册的分公司。
分支机构与总部的联系虽然与分支机构的联系有些相似。但是分支机构的法律地位与分支机构的法律地位大相径庭，它没有独立的法律地位。分支机构为总公司下属的必须执行的业务流程的分支机构或附属部门，负责管理休闲活动。虽然分支机构有商业印记，但并非真正意义上的商业。分支机构不具有中小企业法人资格，不具有独立的法律地位，不承担独立的法律责任。
分公司是法律上比较应有的基本要素。有合法分公司登记手续的有影响力的子公司能够独立承担法律责任，这是分公司与子公司最大的区别。
开分公司还是按控制方式开分公司，在纳税的明文规定上就会有很大的差别。由于分支机构注册分支机构不具有法人资格，因此其完成的收入支出应与总部合并缴纳所得税，而分支机构具有法人资格，母、子公司应分别缴纳所得税，而且分支机构只有在净收益中才能按照控股股东占股比例进行分红。
一般来说，如果所成立的企业一开始就能盈利，那么开设子公司更不可取。分支机构只有赢利，可享受分支机构登记手续带来的各种税收优惠，以及当地政府提供的其他经营管理优惠。如果建厂企业在经营管理中后期出现亏损额，那么设立分公司更是不利，减轻总公司的负税。
分公司具有法人资格，其纳税义务独立存在。分支机构可以享受东道国向其民众企业提供的在免税政策期内的税收优惠，而由于分支机构是作为中小企业核心地区在国外居住的一部分，东道国大多不愿意为其提供更高的折扣；
分支机构不具有法人资格，在其所在地缴纳流转税，利润由分支机构合拼缴纳。中后期，分公司经营中常出现亏损，但亏损能抵减分公司利润，减轻负税；
分支机构是近现代大型中小企业经营管理机构中最主要的组织形式。为什么一家企业的一些下属企业被指定为子公司，而另一家企业则被指定为分公司？难言的是，必须从纳税筹划的角度进行科学研究，因为在市场竞争日益激烈的前提下，所有有利于提高中小型企业经济效益的合理现行政策都是中小型企业考虑的重点项目建设，而选择一种有利于纳税优惠的体制性办法，正好是实现这一目标的有效途径之一。
在申请注册子公司之前，一定要掌握彼此之间的区别，然后根据自己的情况选择合适的注册公司类型，这样才能充分发挥申请注册子公司或子公司的真正功效。
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